中国教育工会吉林医药学院委员会于2007年4月正式成立，2019年更名为吉林医药学院工会委员会，是学校党委领导下的群众组织，是校党委联系广大教职工的桥梁和纽带。校工会始终坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚定不移走中国特色社会主义工会发展道路，坚定政治方向，凝聚奋进力量，充分激发教职工工作热情和创造活力。着力提高工会维权服务工作质量，切实提升教职工获得感、幸福感、安全感。着力工会工作改革创新，全面增强政治性、先进性、群众性。把工会建设得更加充满活力、更加坚强有力。先后获得吉林省总工会最佳职代会、吉林市基层工会规范化建设先进单位、吉林市“和诣杯”竞赛优秀职代会、吉林市互助保障工作先进单位等荣誉称号。

校工会委员会现有主席1人，副主席1人，工会办公室主任1人，下设工会办公室，机关、马克思主义学院、基础医学院、临床医学院、药学院、检验学院、公共卫生学院、护理学院、健康管理学院、生物医学工程学院、教研联合（外语、创新创业、继续教育）、体育教研部、后勤、直属教辅联合（学报、档案馆、图书馆）、现代教育技术中心、校医院、抗体中心17个分工会，共有工会会员710人。